Conformément aux dispositions de la convention MARPOL, le port de Dunkerque dispose de tous les équipements nécessaires à la collecte des déchets d'exploitation et résidus de cargaison des navires (solides ou liquides).
Des installations fixes de réception des déchets solides, avec tri sélectif, sont à la disposition des navires (points MARPOL).
La collecte des déchets liquides s'effectue sur demande de l'agent consignataire par camion ou par barge. Elle est réalisée par des sociétés agréées.