Après douze années de collaboration étroite entre la Guadeloupe et la Martinique pour le transport réfrigéré des bananes, Dunkerque-Port et l’Union des Groupements des Producteurs de Bananes de Guadeloupe & Martinique (UGPBAN) ont souhaité renforcer leur partenariat par la signature d’une nouvelle charte (ce fruit représente un tonnage annuel de l’ordre de 300 000 tonnes pour Dunkerque-Port).
Afin de favoriser le développement des dessertes ferroviaires des ports maritimes, l’ordonnance du 2 août 2005 leur a transféré l’ensemble des voies ferrées portuaires. Dorénavant, le port de Dunkerque a la possibilité de construire et gérer ses propres voies ferrées, Réseau Ferré de France (RFF) étant tenu de les raccorder au réseau national
Courant 2007, la Direction Générale de dunkerque-port décidait de viser l’obtention d’une certification pour l’accueil des navires et des bateaux fluviaux. L’entreprise a atteint cet objectif fin décembre 2009 sur la base du référentiel ISO 9001 version 2008.